W 1903 roku powstało pierwsze logo klubowe Atletico Madryt, które stanowiło jednocześnie symboliczne odzwierciedlenie ówczesnych barw klubowych. Logo to składało się z flagi ułożonej w pozycji horyzontalnej, z białymi i niebieskimi pasami, otaczającej piłkę, stanowiącej centralny punkt kompozycji.
W okresie prezydentury Juliána Ruete, logo klubu przeszło przełomową transformację, przyjmując obecny charakter. Znaczące elementy obejmują niedźwiedzia oraz drzewo poziomkowe (madroño), będące symbolem herbu Madrytu. Całość jest obramowana niebieskim trójkątem z siedmioma gwiazdami Wielkiej Niedźwiedzicy. Czerwone i białe paski, reprezentujące barwy klubowe, znajdują się pod trójkątem, dodając logo głębi i bogactwa znaczeń.
W latach 1939–1947, gdy klub funkcjonował pod nazwą Atlético de Aviación, do logo dodano skrzydła, które miały symbolizować siły powietrzne Hiszpanii. W 1947 roku, po powrocie do pierwotnej nazwy, klub przywrócił klasyczny design logo, który jest używany do dziś. To logo jest nie tylko wyrazem historii klubu, ale również zapisem jego dziedzictwa, jednocząc w sobie tradycję, lokalne symbole i unikalną tożsamość Atletico Madryt.